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Activités
de recherche
Modélisation
moléculaire quantique de biomolécules.
DFT
conceptuelle
Mon
activité de modélisation peut intervenir aussi bien au niveau
macromoléculaire (analyse de l’espace conformationnel) qu’au
niveau moléculaire (mise en évidence des interactions au sein
des unités constituantes). Dans le second cas, l’étude de
ces molécules présente aussi un intérêt théorique : il
s’agit de comprendre la nature de l’interaction
intramoléculaire structurante de ces molécules (par exemple
par analyse topologique de la densité électronique), mais
aussi la réactivité des fonctions nouvelles dans le domaine de
la biomolécule (en utilisant par exemple les indices de
réactivité de la DFT conceptuelle).
Analyse
topologique de la densité électronique & liaisons
hydrogène
L'étude
de la liaison hydrogène est particulièrement importante quand
il s'agit de biomolécules. J'utilise l'analyse topologique de
la densité électronique pour caractériser leur force. Cet
outil est particulièrement efficace quand le réseau de
liaisons hydrogène est ambigu.
STS.
Les
chimistes computationnels et le logiciel
La
chimie computationnelle représente une communauté de
scientifiques dont la particularité est d'être apparue en même
temps que l'ordinateur. Cette communauté possède un lien très
fort avec son outil. Elle a été très tôt un des clients les
plus importants de la grosse informatique, alors qu'elle en
constitue aujourd'hui un acteur mineur. C'est que pour la chimie
computationnelle, le "matériel" est de moins en moins
un facteur limitant. La conséquence en est le développement de
l'importance du "logiciel" et des orientations de
"marché" qui y sont liés.Dans sa pratique
scientifique, le « computational chemist » utilise
et/ou réalise, et/ou diffuse, et/ou acquiert des logiciels de
modélisation. Au cours des années 80/90 ou l'utilisation de
l'ordinateur est passée (dans l'activité scientifique) d'une
activité de spécialiste à une activité "grand public",
les pratiques scientifiques liées au développement, la
diffusion, l'utilisation des logiciels de modélisation se sont
trouvées au cœur de questions de propriété intellectuelle,
de licences d'utilisations, de marketing scientifique, de
rapports public/privé. Le but est d'analyser ces rapports, et
leur influence sur l'activité scientifique.
Méthodologie :
ethnographie « en ligne »
D'un
point de vue méthodologique, Mon travail s'inscrit dans le
cadre de l'ethnographie en ligne « online ethnography ».
Dans
le cas de la chimie computationnelle,
mon
corpus a été constitué d'une mailing list professionnelle
dont les archives sont accessibles sur le web. Les mailing
lists, comme les newsgroups, les forums webs ou les pages
« discussion » de Wikipédia constituent une forme
de dialogue dit de conversation en fil. Ces « threaded
conversations » constituent
un corpus privilégié pour comprendre les
mutations professionnelles, scientifiques et de société de
communautés de scientifiques, ou
autres, en particulier en relation avec leur outil de travail.
Dans
une perspective goffmanienne,
leurs
archives constituent des traces de représentation de soi
radicalement différentes des traces écrites traditionnelles,
avec
ses propres formes d’interactions, avec ses «trolls» et ses
«flame wars», provoquant des débats particulièrement
informatifs sur les tensions, les controverses et les épreuves
agitant les
communautés.
Epistémologie :
« générification » des logiciels
D'un
point de vue épistémologique, Mon travail s'intéresse au
logiciel en tant qu'objet central dans les pratiques de
modélisation. La
chimie computationnelle est une discipline scientifique apparue
en même temps que les ordinateurs devenaient accessibles dans
les laboratoires de recherches, et s'est développée avec le
terminal graphique, dans les années soixante-dix puis
quatre-vingt. Quand les ordinateurs sont devenus personnels,
c'est à dire un appareil présent dans le laboratoire de
recherche accessible à des non spécialistes, un bouleversement
est apparu dans la communauté scientifique : les scientifiques
qui concevaient les logiciels de modélisation moléculaire (les
développeurs) n'étaient plus forcément les mêmes personnes
que ceux qui effectuaient les calculs (les utilisateurs). Au
tournant des années quatre-vingt et quatre-vingt-dix s'est
alors posé à cette communauté le problème de la diffusion du
logiciel. Fallait il partager les logiciels librement ? Fallait
il les vendre ? Fallait il ouvrir le code source ? L'université
pouvait elle bénéficier d'un « transfert de
technologie » ? Selon quel type de licences ? Le contexte
économique américain de l'époque impliquait des tensions dans
le monde académique nord-américain. La communauté des
chimistes computationnels était aussi au cœur d'enjeux de deux
grosses industries : celle des constructeurs d'ordinateurs
et l'industrie pharmaceutique, cette dernière devenant un
débouché potentiel pour la première par l'intermédiaire des
logiciels de modélisation. J'ai
emprunté le concept de « générification » des
logiciels à plusieurs auteurs
pour
rendre compte des mutations dans les pratiques de modélisation
dues aux mutations dans la nature des logiciels.
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Publications
et communications récentes
A.
Hocquet, “RTFM! La chimie computationnelle, une communauté
loin du libre”, in “Histoires et Cultures du libre”,
Paloque Bergès et Masutti Eds., Framabook, Paris, 2013,
sous presse.
Communication
à la Conference of the Society for the History of Tecgnology ;
Special Interest Group Computers, Information & Society.
“RTFM! Computational Chemists and Software
Distribution”,
Copenhague, Octobre 2012.
Communication
à la journée “Internet dans l'histoire, Histoire de
l'Internet” de la Société pour l'Histoire des médias,
Paris, Mai 2012.
Communication
au congrès “Communicating Science and Technology II: From the
15th century to the present” de la maison française d'Oxford,
“RTFM!
Les « mailing lists » en tant que nouvelles formes de
communication entre scientifiques”
Paris,
Mars 2012
Communication
au Colloque de la Commission internationale d'histoire
de
la chimie
moderne,
“The Computational Chemistry List: Comprendre les chimistes
computationnels à travers leurs échanges au sein d'une mailing
list” , Paris, Juin 2011
Dabbagh
H.A., Rasti E., Le Grel P., Hocquet A.,"DFT, ab initio,
NMR, and NBO analyses of Nα-substituted hydrazino acetamides:
Experimental vs theoretical values", 2010, Tetrahedron, 66,
13, 2322-2330.
The
"hydrazinoturn" hydrogen bonding network in
hydrazinopeptides and aza-beta3-peptides as probed by an AIM
topological analysis of the electronic density. Cyrille Simo,
Arnaud Salaün, Clément Arnarez, Lucie Delemotte, Alexandre
Haegy, Ali Kachmar, Adèle D. Laurent, Jennifer Thomas, Brigitte
Jamart-Grégoire, Philippe Le Grel and Alexandre Hocquet, J.
Mol. Struct. (THEOCHEM), 869, 2008, 41-46.
"A
conceptual DFT study of hydrazino peptides: Assessment of the
nucleophilicity of the nitrogen atoms by means of the dual
descriptor Δf(r)" C. Morell, A. Hocquet, A. Grand, B.
Jamart-Grégoire, J. Mol. Struct. (THEOCHEM), 849, 2008, 46-51.
(Abstract)
"A
conceptual DFT study of N-amino and hydrazino peptides :
Assesment of the nucleophilicity of the nitrogen atoms by means
of the dual descriptor Df(r) " : Poster
au congrès ECCC11,
Avril 2007.
"N-(3-Amino-1H-isoindol-1-ylidene)-R-carbohydrazides
and Their Amide-Type Isomerism" O. Hordiyenko, A. Biitseva,
M. Kornilov, N. Brosse, A. Hocquet, B. Jamart-Grégoire, O.
Shishkin, R. Zubatyuk Eur. J. Org. Chem., 12, 2006, 2833-2842.
Abstract
"Interaction
of sodium and potassium ions with sandwiched cytosine-,
guanine-, thymine-, and uracil-base tetrads" M. Meyer, A.
Hocquet, J. Sühnel, J. Comput. Chem., 26, 2005, 352-364
Abstract
"N-aminopeptides
as peptidonucleic acids building blocks : a DFT and AIM study"
: Poster au congrès ECCC10,
2005.
"Intramolecular
interactions along the reaction path in the keto-enol
tautomerism: Fukui functions as local softnesses and charges as
local hardness" A. Hocquet, A. Toro-Labbé, H. Chermette,
J. Mol. Struct. (THEOCHEM), 686, 2004, 213-218.
(Abstract)
"L
-nucleotides and 8-methylguanine of
d(C1m8G2C3G4C5LG6LC7G8C9G10)2 act cooperatively to promote a
left-handed helix under physiological salt conditions" I.
Cherrak, O. Mauffret, F. Santamaria, A. Hocquet, M. Ghomi, B.
Rayner, S. Fermandjian, Nucleic Acids Research, 2003, Vol. 31,
No. 23 6986-6995. (Abstract)
Poster
au congrès Horizons
in hydrogen bond research à Berlin, 2003.
"An
AIM topological analysis of Guanine tetrads interacting with
metals" G. Louit, A. Hocquet, M. Ghomi, M. Meyer, J.
Suehnel , Phys. Chem. Comm. , 2003, 6, 1-5.
(Abstract)
"Are
Guanine tetrads stabilised by bifurcated hydrogen bonds ? An AIM
topological analysis of the electronic density" G. Louit,
A. Hocquet, M. Ghomi, M. Meyer, J. Suehnel , Phys. Chem. Comm.,
2002, 5 (15), 94-98. (Abstract)
"Intramolecular
hydrogen bonding in ribonucleosides : an AIM topological study
of the electronic density" G. Louit, A. Hocquet M. Ghomi,
Physical Chemistry Chemical Physics, 2002, 3843-3848. (Abstract)
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